カテーテルアブレーションは、左心房内にカテーテルと言う細い管を挿入して高周波エネルギーを用いて心房の内壁を焼灼して、心房細動の原因となっている肺静脈を電気的に隔離したり異常な興奮の発生源を焼灼して、心房細動を停止させるとともに再発を予防します。

カテーテルアブレーションの進歩は著しく、最近では発作性心房細動だけでなく、持続性さらには長期持続性心房細動に対しても一定の効果が得られるようになりました。

他に心臓病がない孤立性心房細動あるいは非弁膜症性心房細動ではまず試みるべき治療法です。